「計画変更承認申請書」を提出済ですが、返事が来るまで事業に着手していけないのでしょうか?

事業自体は交付対象として採択されておりますので、変更を申請されている部分以外の業務については着手していただいて構いませんが、変更部分につきましては後日審査結果をご連絡いたしますのでお待ちください。
また、変更内容によっては、計画変更が認められない(変更によって事業目的が変わり交付金の対象にならない=交付金ゼロとなる)可能性もありますのでご注意ください。